Opće načelo programa jest potaknuti različite faze slušanja i jezika, od najnižih stadija prema složenijim. Postoji ukupno tri ciklusa unutar Tomatis metode. Svaki ciklus predstavlja važan i vrijedan dio učenja i slušanja.
Prije ciklusa radi se test slušanja i evaluacija kako bi se provjerilo je li tretman preporučljiv ili nije za dijete. Ukoliko jest, kreira se program koji je individualno prilagođen pojedinom djetetu. Svaki program ovisi o dobi, psihofizičkoj zrelosti djeteta te kognitivnom funkcioniranju. Kroz evaluaciju i test slušanja identificiraju se ciljana područja na kojima treba raditi.
Neka od područja su:
Kod djece mlađe od 6 godina, duljina slušanja se podešava ovisno o dobi (od pola sata do dva sata dnevno).
Pasivna faza počinje s postupnim uvođenjem filtriranih zvukova. U ovoj fazi pojedinac počinje s izlaganjem zvukovima niske frekvencije i ubrzo prelazi na zvukove u visokom rasponu frekvencije. Majčin glas je također izložen tijekom ove faze visokofrekventnih zvukova (filtriran majčin glas se ne može prilikom slušanja prepoznati ali je prisutan).
Tijekom pasivne faze pojedinci crtaju, slikaju, igraju igrice, rade vježbe koje povećavaju senzornu integraciju ili poboljšavaju ravnotežu i koordinaciju. Također, slažu puzzle, čitaju, igraju se lego kockicama ili memo karticama. Pasivna faza je trening razdoblje tijekom koje uho nauči slušati za razliku od „samo nešto čuti“.
Aktivna faza je druga od tri faze slušanja. U ovoj fazi djeca rade mnoge aktivnosti kao i u prvoj, pasivnoj, fazi ali i također su uključeni u vokalne vježbe pri čemu čitaju i pjevaju. Elektroničko uho filtrira njihov glas i šalje ih nazad u slušalice. Povratne informacije od glasa su modificirane na način da poboljšavaju visoke frekvencije ili višu harmoniju u glasu. Istovremeno, pojačana je stimulacija desnog uha kako bi ono poboljšalo svoju dominantnu ulogu u kontroli vlastitog govora.
Faza održavanja je treća i konačna faza. Tijekom ove faze pojedinac radi na održavanju dominacije desnog uha kao i na jačanju sposobnosti slušanja. Aktivnosti u ovoj fazi su slične onima u prve dvije faze. Nakon faze održavanja provodi se završni test slušanja i evaluacija kako bi izmjerili promjene koje je dijete doživjelo.
Tomatis metoda je klinički vrlo intenzivan program. Osoba provede svaki dan dva sata slušanja. Kako bi se postigli optimalni rezultati i kako bi program bio efikasan, izuzetno je bitno pridržavati se rasporeda, te sve snimke svakodnevno odslušati do kraja.